จุดเริ่มต้น ของ "ทศวรรษที่สอง" แห่งวงการแพทย์แผนไทย ที่ได้ก้าวไกลสู่สายตา "ประชาคมโลก" จนเป็นที่ยอมรับในหลากหลายประเทศ เกิดขึ้นโดย ท่านอร่าม อามระดิษ ท่านได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของวงการแพทย์แผนไทย จึงได้ริเริ่มดำเนินการก่อตั้งสถาบันแห่งนี้ขึ้น มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมวงการแพทย์แผนไทยให้ทรงไว้ซึ่งคุณธรรมและความมั่นคงของชาวแพทย์แผนไทย จนก่อให้เกิด "พระราชบัญญัติวิชาชีพการแพทย์แผนไทย พุทธศักราช ๒๕๕๖"
            ถึงอย่างไรก็ดีแม้ว่าสถาบันจะได้ก่อตั้งขึ้นมาแล้ว การที่จะดำรงไว้ซึ่งเป็นสิ่งที่ยากยิ่งในสมัยที่การแพทย์แผนไทยยังไม่เป็นที่รู้จัก อีกทั้งอุปสรรคทางด้านงบประมาณและอัตราเจ้าหน้าที่ในสังกัดหน่วยงาน เป็นสิ่งที่ท่านอร่ามต้องแบกรับอยู่ในขณะนั้น แต่เนื่องด้วยการที่ท่านอร่าม ทุ่มเท เสียสละ ทั้งแรงกาย  แรงใจ และทรัพย์ส่วนตัวมากมาย ท่านมนตรี พงษ์พานิช ซึ่งท่านได้ดำรงตำแหน่ง ประธานที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในขณะนั้น ได้ทราบเรื่อง จึงได้มีบัญชาให้กรมการแพทย์จดทะเบียน "ก่อตั้งสมาคมแพทย์แผนไทยแห่งประเทศไทยขึ้นโดยมีสถาณที่ตั้งอยู่ที่ ตึกกรมการแพทย์ ๖ (DMS 6) ในกระทรวงสาธารณสุข" เพื่อให้การดำเนินงานในด้านนี้เป็นไปอย่างสะดวกคล่องตัวและรวดเร็วมากยิ่งขึ้น เมื่อได้จดทะเบียนขึ้นแล้ว เหล่าแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านภาครัฐจึงได้พร้อมใจกันเชิญ ท่านอร่าม อามระดิษ ซึ่งในขณะนั้นท่านได้วางมือจากการเมืองแล้ว ให้ขึ้นดำรงตำแหน่ง "นายกสมาคมแพทย์แผนไทยแห่งประเทศไทย" ท่ามกลางความเห็นชอบจากฝ่ายราชการและฝ่ายการเมือง ท่านอร่าม อามระดิษจึงได้ยอมรับตำแหน่ง นายกสมาคมแพทย์แผนไทยแห่งประเทศไทย ในวัย ๖๘ ปี นับแต่บัดนั้นเป็นต้นมา